人们经过长期科学研究，从普洱熟茶中分离得到多种微生物——黑曲霉、酵母、青霉、根霉、灰绿曲霉、灰绿曲霉群、细菌、土曲霉、白曲霉、蜡中枝抱霉、曲霉、毛霉、杂色曲霉、聚多曲霉、链霉菌属的灰色和粉红色球菌等。有学者也利用所分离的微生物进行了人工接种发酵的有益尝试，取得了一定的成果，但因为发酵期长、微生物变化大、诸多生理生化变化不清楚，产品品质提升有限。
人们除了进行传统大堆发酵和有益微生物的应用，也认识了控制发酵条件从自然筛选出自然存在的有益发酵微生物，提升其作用有利于发酵和产品品质提升，所以现在市场上出现了小筐发酵、离地发酵、菌种发酵等其他发酵方式，但是与传统发酵相比，小筐发酵和离地发酵虽然对茶叶数量的要求较小，对堆温、水分和发酵控制更具有挑战性。
由“酒曲”概念引发的关于“茶曲”的研发和应用
根据考古的资料可知，人类从8000年前就已经开始在长期生存中根据生活经验在不觉的情况下利用有益微生物进行有益发酵，其中我国的制曲酿酒工艺就是最为典型的实例之一，公元前十四世纪《书经》有“若作酒醴（lǐ），尔惟曲蘖（niè）”的记载（醴，是指甜酒；曲，是用谷物培养霉菌等微生物制成；蘖，是发芽谷物，如作啤酒的麦芽），先利用霉菌（曲）对谷物淀粉进行糖化，然后利用酵母菌进行酒精发酵，这是今日的序列发酵和混合发酵的一种雏形，在微生物发酵工艺史上有着重要的地位。经过多代的经验积累和工艺的优化改进，形成了历史悠久、工艺独特、经验丰富、品种多样等特点。
“曲为酒骨”，酒曲是核心，也是有益微生物培养、增殖、优化过程，制曲和选择用曲是酿酒工艺的重要组成部分，在制曲与酿酒技术上早有丰富的经验，在《齐民要术》（公元6世纪）和《天工开物》（1637年）等典籍中都有详尽的记载。形成了多种多样酒曲，主要有大曲（传统大曲、强化大曲、纯种大曲）和小曲（传统小曲、纯种小曲），其中含有多种有益微生物（根霉、米曲霉、红曲霉、毛霉、酵母菌、己酸菌等），利用这些酒曲结合酿酒制作工艺，形成了多种香型和滋味等酒品。
